Οι φοιτητές του Τμήματος Επιστήμης & Τεχνολογίας Τροφίμων είναι υποχρεωμένοι να εκπονήσουν Πτυχιακή Εργασία. Το θέμα της εργασίας αυτής μπορεί να είναι πειραματικό (εργαστηριακή έρευνα ή έρευνα πεδίου), ή μπορεί να είναι βιβλιογραφική αναζήτηση και σύνθεση. Ο φοιτητής οφείλει να δηλώσει την Πτυχιακή Εργασία μετά το 9ο εξάμηνο σπουδών, και να ξεκινήσει την εκπόνηση του θέματος με την προϋπόθεση να συμφωνεί ο επιβλέπων καθηγητής, που προτείνεται από το φοιτητή και επικυρώνεται από τη Συνέλευση του Τμήματος.
Η Πτυχιακή Εργασία θεωρείται περατωμένη όταν μετά από σύμφωνη γνώμη του επιβλέποντα εκτυπωθεί και παραδοθεί στον επιβλέποντα σε πέντε αντίτυπα (ένα για κάθε μέλος της εξεταστικής επιτροπής, ένα για τη βιβλιοθήκη του Εργαστηρίου και ένα για τη βιβλιοθήκη του Τμήματος).
Η εξέταση της Πτυχιακής Εργασίας γίνεται μόνο εφόσον ο φοιτητής έχει εκπληρώσει επιτυχώς όλες τις εξεταστικές υποχρεώσεις του προγράμματος σπουδών. Η εξέταση γίνεται δημόσια από την τριμελή συμβουλευτική και εξεταστική επιτροπή, στην οποία προεδρεύει ο επιβλέπων Καθηγητής, σε χρόνο που καθορίζεται από την επιτροπή. Κατά την εξέταση ο φοιτητής αναπτύσσει προφορικά την εργασία του και απαντά σε ερωτήσεις των μελών της επιτροπής. Κάθε μέλος της επιτροπής βαθμολογεί χωριστά και ο τελικός βαθμός της πτυχιακής μελέτης προκύπτει από το μέσο όρο των βαθμών των τριών εξεταστών. Η μελέτη κρίνεται επιτυχής, αν ο τελικός βαθμός είναι μεγαλύτερος ή ίσος του πέντε (5) και οι βαθμοί δύο τουλάχιστον εξεταστών είναι μεγαλύτεροι ή ίσοι του πέντε (5). Σε περίπτωση αποτυχίας, ο φοιτητής υποβάλλεται σε δεύτερη εξέταση, αφού συμπληρώσει και διορθώσει τη μελέτη του σύμφωνα με τις υποδείξεις της επιτροπής. Σε περίπτωση και νέας αποτυχίας, ο φοιτητής υποχρεώνεται να εκπονήσει άλλη πτυχιακή μελέτη με το ίδιο ή διαφορετικό θέμα.